La quincuagésima edición del torneo y la segunda con el patrocinio del Banco Santander ocurrió en 2009 con el nombre "50 años de pasión", un homenaje a las bodas de oro que cumplía la Copa.

El ganador del torneo fue el equipo argentino Estudiantes de La Plata, y el goleador su atacante, Mauro Boselli.

El Estudiantes de La Plata logró el torneo por cuarta vez en esta oportunidad (se suma a las conquistas de 1968 1969 y 1970). Fue la primera vez desde 2004 cuando se estableció la eliminatoria de primera fase que un equipo que juega dicha instancia se proclama campeón.

La Copa se disputó desde enero hasta julio, con la participación de 38 equipos provenientes de once países: Argentina, Bolivia, Brasil, Chile, Colombia, Ecuador, México, Paraguay, Perú, Uruguay y Venezuela. Once países donde el Santander esta presente.

El torneo se divide en seis etapas: primera fase, segunda fase, octavos de final, cuartos de final, semifinales y finales, todas ellas con partidos de ida y vuelta. Años atrás, el campeón del torneo conseguía el pase a la desaparecida Copa Intercontinental, mientras que hoy obtiene el pase al Mundial de Clubes - excepto si se trata de un equipo mexicano -, además de clasificarse directamente para la Copa Santander Libertadores del año siguiente. El vencedor también disputará la Recopa Sudamericana el año posterior, enfrentándose al campeón de la Copa Sudamericana.

A día de hoy el equipo que cuenta más Copas Santander Libertadores en sus vitrinas es el Independiente de Argentina con siete trofeos, mientras que el Boca Juniors le sigue de cerca con seis títulos. En la edición del año pasado, sin embargo, fue el Liga Universitaria de Quito el encargado de dar la sorpresa, convirtiéndose así en el primer equipo ecuatoriano en alzar el título.